En 2023, las Upes tuvieron como fuentes principales de financiamiento los recursos provenientes del gasto federalizado programable, es decir, transferencias etiquetadas para un uso específico, y también recibieron recursos de libre disposición hacendaria. De acuerdo con la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (Anuies), en ese periodo estas escuelas tenían déficit financiero y padecían retrasos en las tranferencias presupuestales que debían hacerles los gobiernos estatales.
En el ciclo escolar 2022-2023, las Upes atendieron a un millón 322 mil 357 alumnos, con un gasto promedio de 80 mil 736 pesos por estudiante. Su plantilla laboral ascendió a 289 mil 720 trabajadores, con un promedio de 368 mil 501 pesos asignados por cada uno.
La ASF realizó 35 auditorías integrales a las Upes, en las que identificó posibles irregularidades por 509.5 millones de pesos, de los cuales, 501.1 millones están pendientes de aclaración y 8.5 corresponden a recuperaciones ya efectuadas.
Las anomalías más recurrentes fueron recursos no ejercidos sin ser reintegrados a la Tesorería (133.5 millones), recargos y actualizaciones (124.8), y falta de documentación justificativa del gasto (94.2). Otras observaciones incluyeron pagos indebidos a trabajadores después de su baja, falta de comprobación de recursos y erogaciones por plazas no autorizadas.
En materia de transparencia, se detectaron deficiencias significativas en el reporte de información. Entre los principales hallazgos destaca que los informes trimestrales se publicaron con retraso y los datos enviados a Hacienda carecieron de calidad y congruencia. También se verificó que las instituciones educativas no cumplieron en su totalidad con la publicación de información sobre el ejercicio, destino y resultados de los recursos transferidos.
En cuanto al control interno, se aplicó un cuestionario para evaluar la calidad de los sistemas implementados por las universidades. La ASF analizó aspectos como el ambiente de control, la administración de riesgos, las actividades de control, la información y comunicación, así como la supervisión de los procesos.